1. Malamalama fa'avae (afai e te mana'o e va'ai i le vaega fa'ata'ita'i, fa'amolemole tu'u sa'o ile vaega lona lua)
I le avea ai o se tali mai o le PCR masani, o le taimi moni o le PCR e mataʻituina le suiga o le aofaʻi o le faʻalauteleina o oloa i taʻamilosaga taʻitasi o le PCR faʻateleina tali i le taimi moni e ala i le suiga o le faailo o le fluorescence, ma suʻesuʻeina faʻatusatusa le mamanu amata e ala i le va o le ct tau ma le faʻasologa masani.
O faʻamatalaga patino o le RT-PCR olaina faavae, felafolafoaiga paepaemaCt tau.
laina faavae: | O le tau o le fluorescence o le taamilosaga 3-15th o le laina faavae (baseline), lea e mafua mai i le sese o le fua. |
Fa'ailoga (threshold): | Fa'asino i le fa'atapula'a e iloa ai le felanulanua'i o lo'o fa'atulaga i se tulaga talafeagai i le vaega fa'atuputeleina fa'atuputeleina o le pi'o fa'alautele, e masani lava e 10 taimi le va'aiga masani o le laina fa'avae. |
CT taua: | Ole numera ole ta'amilosaga o le PCR pe a o'o atu le tau ole fluorescence i paipa fa'afofo ta'itasi ile faitoto'a. O le tau o le Ct e fa'atusatusa i le aofa'i o ulua'i fa'ata'ita'iga. |
Fa'ailoga masani mo le RT-PCR:
auala | manuia | faaletonu | lautele o le talosaga |
SYBR GreenⅠ | Fa'aoga lautele, maaleale, taugofie ma faigofie | O mea e mana'omia muamua e maualuga, e faigofie i fusi e le fa'apitoa | E fetaui lelei mo su'esu'ega fa'atusatusaga o kenera eseese, su'esu'ega i fa'amatalaga o kenera, ma su'esu'ega i manu ma la'au fa'a-transgenic. |
TaqMan | Lelei faʻapitoa ma maualuga le toe faʻaleleia | O le tau e maualuga ma e fetaui mo sini faʻapitoa. | Su'esu'ega o le fa'ama'i, su'esu'ega o kenera e tete'e ai vaila'au, su'esu'ega lelei o vaila'au, fa'ama'i fa'ama'i. |
moli moli | Tulaga maualuga, fluorescence, maualalo le talaaga | O le tau e maualuga, e naʻo le talafeagai mo se faʻamoemoega faʻapitoa, o le mamanu e faigata, ma le tau e maualuga. | Iloiloga faʻapitoa faʻapitoa, suʻesuʻega SNP |
2. Laasaga faataitai
2.1 E uiga i le fa'avasegaga fa'ata'ita'iga- e tatau ona tele vaieli i totonu o le kulupu, ma e tatau ona i ai le toe faia o mea ola.
① | Pulea avanoa | Fa'aaoga e iloa ai le tulaga o le tuputupu a'e o sela i fa'ata'ita'iga |
② | Le pulea lelei o le siRNA (fa'asologa o le siRNA e le fa'apitoa) | Fa'aali le fa'apitoa ole gaioioiga RNAi.e mafai e le siRNA ona faʻaosofia le faʻalavelave faʻalavelave faʻapitoa ile faʻatonuga ole 200nM. |
③ | Puleaina o Feso'ota'iga | Fa'aesea le o'ona o le fe'avea'i reagent i sela po'o le a'afiaga i le fa'aaliga o le ga'o fa'atatau. |
④ | siRNA faasaga i le kenera taulaʻi | Tu'itu'i i lalo le fa'aaliga o le kenera fa'atatau |
⑤ (filifiliga) | siRNA lelei | Fa'aaogaina e foia ai fa'afitauli faiga fa'ata'ita'i ma fa'afitauli fa'atino |
⑥ (filifiliga) | Pulea felanulanua'i siRNA | E mafai ona mata'ituina le lelei ole felauaiga ole sela ile microscope |
2.2 Fa'avae o le mamanu muamua
Fa'ateleina le vaega o le vaega | E sili ile 100-150bp |
Ulua'i Umi | 18-25bp |
GC anotusi | 30%-70%, sili atu 45%-55% |
Tm tau | 58-60 ℃ |
Fa'asologa | Aloese mai le T/C faifai pea;A/G fa'aauau |
3 fa'ai'uga fa'asologa | Aloese mai GC mauoa po o AT mauoa;o le fa'avae fa'amau e sili atu le G po'o le C;e sili ona aloese mai le T |
Felagolagomai | Aloese mai fa'asologa fa'aopoopo e sili atu i le 3 fa'avae i totonu o le fa'avae po'o le va o fa'avae se lua |
Fa'apitoa | Fa'aaogā su'esu'ega fa'ato'a e fa'amaonia ai fa'amatalaga fa'apitoa |
①SiRNA e faʻapitoa i ituaiga, ma o faʻasologa o ituaiga eseese o le a eseese.
②SiRNA o loʻo faʻapipiʻiina i le paʻu faʻamago faʻamago, lea e mafai ona teu lelei mo le 2-4 vaiaso i le vevela o le potu.
2.3 Meafaigaluega po'o reagents e mana'omia ona saunia muamua
Primer (fa'asinomaga totonu) | E aofia ai i luma ma tua lua |
Primers (ga'o taula'i) | E aofia ai i luma ma tua lua |
Sini Si RNA (3 fasi pepa) | E masani lava, o le a faʻapipiʻi e le kamupani 3 fasi pepa, ona filifili lea o se tasi o le tolu e le RT-PCR |
Pusa Lisi | Lipo2000 ma isi. |
RNA Rapid Extraction Kit | Mo le RNA fa'atosina pe a uma le felauaiga |
Pusa Fa'aliliuga Fa'aliliu Vave | mo le tuufaatasia o le cDNA |
PCR Amplification Kit | 2×Super SYBR Green qPCR Master Mix |
2.4 E tusa ai ma mataupu e manaʻomia ona vaʻaia i laasaga faʻataʻitaʻi faʻapitoa:
①siRNA felauaiga faagasologa
1. Mo le faʻapipiʻiina, e mafai ona e filifilia le 24-well plate, 12-well plate poʻo le 6-well plate (o le averesi o le RNA faʻatulagaina o loʻo faʻatulagaina i totonu o vaieli taʻitasi o le 24-well plate e uiga i le 100-300 ng / uL), ma o le maualuga o le felauaiga sili ona lelei o sela e oʻo atu i le 60% -80% pe o lea.
2. O laasaga o felauaiga ma manaʻoga faʻapitoa e matuaʻi faʻatatau i faʻatonuga.
3. A maeʻa le felauaiga, e mafai ona aoina faʻataʻitaʻiga i totonu ole 24-72 itula mo le suʻesuʻeina o le mRNA (RT-PCR) poʻo le suʻesuʻeina o porotini i totonu ole 48-96 itula (WB)
② RNA fa'agasologa
1. Puipuia le faaleagaina e enzymes mai fafo.E masani lava ona aofia ai le ofuina o matapulepule ma totigilima;fa'aogaina o fa'amatalaga paipa fa'ama'i fa'ama'i ma paipa EP;o le vai e fa'aaogaina i le su'ega e tatau ona RNase-Free.
2. E fautuaina e fai faalua e pei ona fautuaina i le pusa faʻavave vave, lea o le a faʻaleleia atili ai le mama ma le fua.
3. E le tatau ona pa'i le suavai otaota ile koluma RNA.
③ RNA quantification
A maeʻa ona maua mai le RNA, e mafai ona faʻatusatusa saʻo ma Nanodrop, ma o le faitau maualalo e mafai ona maualalo e pei o le 10ng / ul.
④ Fa'aliliuga fa'asologa o tusitusiga
1. Ona o le maualuga o le maaleale o le RT-qPCR, e tatau ona faia ia le itiiti ifo i le 3 vaieli tutusa mo faʻataʻitaʻiga taʻitasi e puipuia ai le Ct mulimuli mai le ese tele poʻo le SD e tele tele mo suʻesuʻega fuainumera.
2. Aua le fa'a'aisa ma fa'asa'o fa'atasi le Master mix.
3. E tatau ona sui uma paipa/pu i se pito fou!Aua le fa'aauau ona fa'aoga le pito paipa e tasi e fa'aopoopo ai fa'ata'ita'iga!
4. O le ata tifaga faʻapipiʻi i le 96-well plate pe a uma ona faʻapipiʻi le faʻataʻitaʻiga e manaʻomia ona faʻamalo i se ipu.E sili le centrifuge a'o le'i tu'uina i luga o le masini, ina ia mafai ona tafe i lalo le vai i luga o le puipui o le paipa ma aveese ai le ea.
⑤A'ili'iliga masani pi'o
Leai se vaitaimi o le tuputupu aʻe logarithmic | Masalo maualuga le fa'atonuga o fa'ata'ita'iga |
Leai se tau CT | Laasaga le sa'o mo le su'esu'eina o fa'ailoga felanulanua'i; fa'aleagaina o mea muamua po'o su'esu'ega - o lona fa'amaoni e mafai ona iloa ile PAGE electrophoresis; le lava le aofaʻi o faʻataʻitaʻiga; fa'aleagaina o fa'ata'ita'iga - aloese mai le fa'aofiina o mea le mama ma toe fa'aisa ma fa'afefeteina i sauniuniga fa'ata'ita'iga; |
Ct>38 | Maualalo le fa'atuputeleina lelei;O oloa PCR e umi tele;o vaega tali eseese ua fa'aleagaina |
Pi'o fa'ateleina laina | E mafai ona fa'aleagaina se vaega o su'esu'ega e ala i ta'amilosaga fa'a'aisa-liu fa'a'aisa po'o le fa'aumiumi fo'i o le malamalama |
O le ese'esega i pu fa'alua e matua tele lava | O le tali fa'afofoga e le'o fa'afefeteina atoa pe le fa'afefiloi fo'i le vaifofo tali;o le taele vevela o le mea faigaluega PCR o loʻo faʻaleagaina i mea faʻafefe |
2.5 E uiga i su'esu'ega fa'amaumauga
Ole su'esu'ega o fa'amaumauga o le qPCR e mafai ona vaevaeina ile fa'atusatusaga fa'atatau ma le fa'atatauina atoatoa.Mo se faʻataʻitaʻiga, sela i totonu o le vaega o togafitiga faʻatusatusa i sela i totonu o le vaega e pulea,
E fa'afia ona suia le mRNA o le gene X, o le fa'atusatusaga lea;i se numera patino o sela, o le mRNA o le X gene
E fia kopi o lo'o i ai, o le fa'atatauina atoatoa lea.E masani lava o le mea e sili ona matou fa'aogaina i totonu o le falesu'esu'e o le fa'atusatusaga o metotia fa'atatau.E masani lava,le auala 2-ΔΔcte sili ona faʻaaogaina i faʻataʻitaʻiga, o lea naʻo lenei metotia o le a faʻaalia auiliili iinei.
2-ΔΔct metotia: O le iʻuga na maua o le eseesega i le faʻaaliga o le kenera taulaʻi i le vaega faʻataʻitaʻi e faʻatatau i le faʻasologa o le kenera i le vaega e pulea.E manaʻomia le faʻamalosia o le faʻaogaina o le kenera faʻatatau ma le kenera faʻasinomaga i totonu e latalata ile 100%, ma o le eseesega vavalalata e le tatau ona sili atu i le 5%.
Ole metotia fa'atatau e fa'apea:
Δct control group = ct tau o le kenera taulaʻi i le vaega pulea - ct tau o le kenera faasinomaga totonu i le vaega pulea
Δct vaega faʻataʻitaʻiga = ct tau o le kene faʻatatau i le vaega faʻataʻitaʻi - ct tau o le kene faʻasino i totonu i le vaega faʻataʻitaʻi
ΔΔct=Δct vaega faʻataʻitaʻi-Δct vaega faʻatonutonu
Ma le mea mulimuli, fuafua le tele o eseesega i le faʻaaliga tulaga:
Suia Gagana = 2-ΔΔct (e tutusa ma le galuega sili o le POWER)
oloa fa'atatau:
Taimi meli: Me-20-2023