O le COVID-19 ose fa'ama'i pipisi e mafua mai i le Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Type 2. A a'afia se tagata, o fa'ailoga masani e aofia ai le fiva, tale, ma le manava.

O fa'ata'ita'iga o lo'o fa'aaogaina mo su'ega e mafai ona fa'aputuina e su'e nasopharyngeal po'o le oropharyngeal swabs.

O le a le PCR?

Ole auala masani ole su'esu'ega o le coronavirus ole polymerase chain reaction, PCR.Ole auala lea e fa'aaogaina lautele ile biology mole.E mafai ona vave kopiina le faitau miliona i le piliona o vaega patino DNA.

O le coronavirus fou o loʻo i ai se RNA genome e tasi le laina umi.Ina ia mafai ona iloa nei siama e le PCR, e tatau ona liua mole o le RNA i a latou faʻasologa DNA faʻatasi e ala i le reverse transcriptase, ona mafai ai lea ona faʻateleina le DNA fou na faʻapipiʻiina e ala i faiga masani PCR, lea e masani ona taʻua o le RT-PCR.

RT-PCR faiga

RNA su'ega

Ina ia faia lenei metotia, e tatau lava ona aveese mai le viral RNA.E mafai ona fa'aogaina le tele o pusa fa'amama RNA mo le vavae'ese faigofie, vave ma lelei.

Ina ia maua mai le viral RNA e faʻaaoga ai se pusa faʻatau, faʻapipiʻi muamua le faʻataʻitaʻiga ile microcentrifuge tube ona faʻafefiloi lea ma le lysis buffer.O lenei pa'u e matua'i denatured ma e masani ona aofia ai le phenol ma le guanidine isothiocyanate.E le gata i lea, e masani lava ona i ai i totonu o le paʻu o le lysis e faʻamautinoa le tuʻuesea o le RNA viral.

A mae'a ona fa'apipi'i le fa'apolopolo lysis, fa'avili le fa'agaau fa'afefiloi e ala ile pulus ma fa'asusu ile vevela ole potu.Ona fa'amama lea o le virusi i lalo o tulaga fa'ate'ena maualuga e tu'uina mai e le lysis buffer.

A maeʻa ona faʻamama le faʻataʻitaʻiga, e faʻaaogaina se faʻamalo mo le faʻamamaina.O le faʻataʻitaʻiga o loʻo faʻapipiʻiina i totonu o le centrifuge tube ona faʻapipiʻi ai lea.

O lenei faiga ose faiga fa'atosina vaega e fa'apipi'i ai lea o le vaega fa'amau e aofia ai le silica gel matrix.

I lalo ole masima sili ona lelei ma tulaga pH, RNA molelaula e fusifusia i le silica membrane.

I le taimi lava e tasi, ua aveese le polotini ma isi mea leaga.

A mae'a le fa'a'ese'esega, tu'u le fa'agaau fa'aau i totonu ose fa'aputu mama, lafoa'i le fa'amama, ona fa'aopoopo lea o le pa'u fufulu.

Toe tu'u le paipa i totonu o le centrifuge e fa'amalosi ai le pa'u fufulu i totonu o le membrane.O lenei mea o le a aveese uma ai mea leaga o totoe mai le membrane, ma totoe naʻo le RNA e fusifusia i le silica gel.

A mae'a ona fufulu le fa'ata'ita'iga, tu'u le fa'agaau i totonu o se fa'amama mama microcentrifuge ma fa'aopopo i ai le pa'u elution.

Ona fa'a'ese'ese lea e fa'amalosi ai le fa'amama fa'amama i totonu o le membrane.O le elution buffer e aveese ai le viral RNA mai le koluma vili ma maua ai le RNA mama e leai ni polotini, inhibitors, ma isi mea leaga.

Laasaga 2

Fa'afefiloi fa'afefiloi

A maeʻa ona aveese mai le viral RNA, o le isi laasaga o le saunia lea o le paluga tali mo le PCR faʻateleina.I lenei laasaga, e faʻaaogaina le faʻaoga.O lenei vaifofo faʻapitoa o se vaifofo faʻafefiloi muamua e aofia ai se premix, reverse transcriptase, nucleotides, faʻamuamua i luma, faʻasologa faʻasolosolo, suʻesuʻega TaqMan ma DNA polymerase.

Ma le mea mulimuli, e faʻamaeʻa ai lenei faʻafefiloi tali, faʻaopoopo le RNA template.O paipa e faʻafefiloi e ala i le pulupulu vortexing, ona faʻapipiʻiina lea o le paluga tali i totonu o le PCR plate.Ole ipu PCR e masani ona iai vaieli e 96 ma e mafai ona su'esu'eina le tele o fa'ata'ita'iga ile taimi e tasi.

Laasaga 3

PCR fa'ateleina

O le isi, tu'u le ipu i totonu ole masini PCR, o le mea moni lava ole uila afi.

O le taimi moni o le RT-PCR o loʻo faʻaaogaina e iloa ai le 2019 novel coronavirus e ala i le faʻalauteleina o le faʻasologa faʻasologa i le RdrRP gene, E gene ma N gene.O le filifiliga o le kenera taula'i e fa'alagolago i le fa'asologa muamua ma le fa'asologa o su'esu'ega.

Ole la'asaga muamua ole RT-PCR ole fa'aliliuga fa'aliliu.O le vaega muamua o le DNA fa'aopoopo o lo'o fa'apipi'iina, lea e amataina e le PCR reverse primer, lea e fusifusia i le vaega fa'atasi o le viral RNA genome.Ona toe fa'afo'i lea o le transcriptase fa'aopoopo le nucleotides DNA i le pito 3'o le fa'amuamua e fa'aopoopo ai le DNA e fa'aopoopo i le viral RNA.O le vevela ma le umi o lenei laasaga e faʻalagolago i mea muamua, RNA taulaʻi, ma le faʻaliliuina o transcriptase faʻaaogaina.

O le isi, e faʻaaogaina se laasaga muamua o le denaturation, lea e mafua ai le denaturation o le RNA-DNA hybrid.O lenei laasaga e manaʻomia e faʻagaoioia ai le DNA polymerase.I le taimi lava e tasi, o le reverse transcriptase ua le mafai.

O le PCR e aofia ai se faasologa o taamilosaga vevela.Ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'amilosaga ta'itasi e aofia ai le denaturation, annealing ma fa'aopoopoga laasaga.

O le laasaga o le denaturation e aofia ai le faʻamafanafanaina o le potu tali i le 95 tikeri Celsius ma faʻaaogaina mo le denaturation o le DNA mamanu faʻalua.

I le isi laasaga, o le vevela o le tali e faʻaititia i le 58 tikeri Celsius, e faʻatagaina ai le pito i luma e faʻapipiʻi i le vaega faʻatasi o lona DNA mamanu tasi.O le vevela faʻafefete e faʻalagolago saʻo i le umi ma le tuufaatasiga o le mea muamua.

I le laasaga faʻaopoopo, o le DNA polymerase e faʻapipiʻi se manoa DNA fou e fetaui ma le DNA template strand.E ala i le fa'aopoopoina o nuclei saoloto e fa'aopoopo i le fa'ata'ita'iga i le fa'atonuga 5′i le 3′ mai le fa'afefiloiga tali.O le vevela o lenei laasaga e faʻalagolago i le DNA polymerase na faʻaaogaina.

A mae'a le ta'amilosaga muamua, e maua ai se fa'ailoga DNA fa'alua.

Ona, ulu atu lea i le taamilosaga lona lua.O le DNA fa'alua ua fa'amuta e maua ai mole mole mole DNA e tasi.

I le isi laasaga, e faʻaitiitia le vevela o le tali, faʻapipiʻi faʻamau i faʻataʻitaʻiga DNA taʻitasi taʻitasi, ma faʻapipiʻi le suʻega Taq-man i le vaega faʻatasi o le DNA taulaʻi.

Ole su'esu'ega TaqMan o lo'o i ai se fluorophore e feso'ota'i fa'atasi ile pito 5' ole su'esu'ega oligonucleotide.A fa'afiafiaina i le puna malamalama o le uila, o le fluorophore e fa'aosoina le fluorescence.E le gata i lea, o le su'esu'ega e aofia ai se tineia i le 3'i'uga.O le latalata o le gene reporter i le tineia e taofia ai le mauaina o le fluorescence.

I le laasaga faʻalautele, o le DNA polymerase e faʻapipiʻiina se manoa fou.A o'o atu le polymerase i le su'esu'ega TaqMan, o lana gaioioiga 5'nuclease fa'ato'aga e tapuni ai le su'esu'ega, ma vavae'ese ai le vali mai le tineia.

Faatasi ai ma taʻamilosaga taʻitasi o le PCR, e faʻasaʻolotoina le tele o mole lanu vali, e mafua ai le faʻateleina o le malosi o le fluorescence e faʻatusatusa i le numera o amplicons faʻapipiʻiina.

O lenei metotia e mafai ai ona faʻatusatusa le numera o se faʻasologa o loʻo i ai i le faʻataʻitaʻiga.E faaluaina le aofa'i o fasi vaega DNA fa'alua i ta'amilosaga ta'itasi.O le mea lea, e mafai ona faʻaogaina le PCR e faʻavasega ai faʻataʻitaʻiga laiti.

Mo le fuaina o faailoilo felanulanua'i, moli tungsten halogen, faamama fa'afiafia, fa'ata, tioata, fa'amama fa'avevela ma le fa'apipi'iina o masini-fa'aaoga mea pu'eata CCD.

Laasaga 4 Su'esu'e

Mo le fuaina o faailoilo felanulanua'i, moli tungsten halogen, faamama fa'afiafia, fa'ata, tioata, fa'amama fa'avevela ma le fa'apipi'iina o masini-fa'aaoga mea pu'eata CCD.

O le moli faamama mai le lamepa e atagia mai e le reflector, e ui atu i le tioata condenser, ma taulai atu i le ogatotonu o pu taitasi.Ona atagia mai lea o le fluorescence mai le pu mai le faʻata, e ui atu i le faamama faʻamalama, ma iloa e le kamera CCD.I taʻamilosaga PCR taʻitasi, e mafai ona iloa e le CCD le moli faʻafefe o le tagata lava ia.

E liua ai le malamalama ua pu'eina i fa'amaumauga numera.O lenei metotia e taʻua o le PCR taimi moni, ma e mafai ai ona mataʻituina le alualu i luma o le PCR tali.